Fue oficialmente registrado como club de fútbol por John Houlding el 6 de junio de 1892, aunque originalmente fue nombrado «Everton F. C. and Athletic Grounds Ltd.» ante la Asociación Inglesa de Fútbol. El Baleares FC participó en el Campeonato Regional de Baleares oficial, organizado inicialmente desde 1923 por la Federación Catalana de Fútbol y desde 1926 por la Federación Balear de Fútbol, hasta su supresión en 1940. El club siempre estuvo en primera línea de la competición: fue subcampeón hasta en 9 ocasiones del Campeonato de Mallorca, solamente superado por la RS Alfonso XIII FC (después RCD Mallorca) o por el CD Constancia de Inca. En cuanto a la equipación se adoptó la camiseta a rayas blancas y azules del Mecánico y el pantalón blanco del Mallorca. 1920 (según las fuentes) se celebró una asamblea fundacional que aprobó la fusión de Mecánico y Mallorca con el nombre de Baleares Foot-ball Club, nombre aceptado por unanimidad por los asistentes al considerarlo más regional y representativo. En un momento dado el Mallorca (antes Fundición Carbonell) abandonó su local social y fue a parar al mismo del Mecánico.
El primer presidente fue Bartomeu Llabrés Albertí (1886-1951), vinculado hasta entonces al Mallorca. El Ayuntamiento de Palma aprobó en 1942 un plan urbanístico que obligaba a otro club de la ciudad, el Club Deportivo Atlético (hasta 1941 llamado Athletic Foot-ball Club), a abandonar su campo (sa Punta). En 1940 cambió su nombre Baleares Foot-Ball Club por Club de Fútbol Baleares, obligado por las directrices del régimen franquista que obligaban a castellanizar toda la terminología deportiva. Al año siguiente, se alzó con su primer éxito regional, la Copa de Canarias, tras superar al Real Club Victoria en semifinales y posteriormente al Real Hespérides Club de Fútbol de San Cristóbal de La Laguna. En la temporada 2018-19 el Girona accede por primera vez a cuartos de final de la Copa del Rey tras los empates contra el Atlético de Madrid 1-1 en casa y 3-3 de visitante. Militó en Tercera División en el grupo de la Comunidad Valenciana, antes de que al final de la temporada fuese vendido a un empresario local que creó el Huracán Valencia Club de Fútbol. El Baleares FC se adjudicó la segunda y la tercera edición y, por consiguiente, la copa en disputa. Ambos equipos ascendieron a la Tercera División, categoría entonces desaparecida pero recuperada para la temporada siguiente.
En otras competiciones destacó su triunfo en la Copa Presidente de la República, torneo disputado por los equipos de primera categoría del campeonato mallorquín durante las temporadas 1933-34, 1934-35 y 1935-36, con un trofeo en disputa concedido por el entonces presidente Niceto Alcalá Zamora. La nueva categoría supuso que los equipos baleares tuviesen que jugar contra equipos de la península (catalanes o valencianos, o ambos a la vez). En 1921 el Baleares FC disputó su primer torneo importante: la Copa Ayuntamiento de Palma, quedando segundo en un torneo que ganó la Real Sociedad Alfonso XIII (actual Real Mallorca). El equipo llevó inicialmente el mismo nombre de la empresa y, posteriormente, adoptó el nombre de Mallorca. El equipo carecía de campo y jugaba en una explanada del Muelle de Palma, aproximadamente donde estaban situadas las antiguas oficinas de la Isleña Marítima. Por otro lado, en la Europa League rozó la final del campeonato al caer eliminado en el último minuto del tiempo de descuento de las semifinales frente al Sevilla en Mestalla al encajar un gol cabeceado por Mbia, habiendo eliminado previamente a Dínamo de Kiev, Ludogorets y Basilea.
Los gallegos vencieron a los fabriles por 1-1 y 2-1 en la eliminatoria cerrando el paso del Barakaldo a la final. En esta temporada comenzó la relación con Citroën como principal empresa patrocinadora del club, debido a la relación de la empresa automovilística con la ciudad a través de la Fábrica PSA de Vigo. Este equipo lo fundaron trabajadores de la Fundición Carbonell, una pequeña empresa metalúrgica de la ciudad. Juan Garrido ganó las elecciones a la presidencia del club en 1987. En lo deportivo, la temporada 1987-88 fue más complicada que la anterior, y el equipo tuvo que disputar la promoción por la permanencia, que consiguió frente al Rayo Vallecano. El Club Deportivo de la Coruña nació el 8 de diciembre de 1906, con el nombre oficial de Club Deportivo de la Sala Calvet. Fue considerado como el mejor equipo venezolano del siglo XX -junto al Estudiantes de Mérida, según la IFFHS- cuando llevaba el nombre Deportivo Italia. Cambiar el nombre Club de Fútbol Baleares por Club Deportivo Atlético Baleares. La rivalidad Baleares FC versus RS Alfonso XIII Fútbol Club se ha mantenido hasta nuestros días con diferentes nombres, hasta llegar a los actuales Atlético Baleares y Real Mallorca.
