El desarrollo de la temporada 1961-62 es bastante irregular en Segunda División, al terminar decimotercero, y tras la disputa de las eliminatorias, el club desciende nuevamente a la Tercera División. 1961-62 – 1.ª posición en 2.ª. Primer ascenso a Primera. Tras estos importantes logros, en la temporada 1985-86 solo se consigue el decimoséptimo puesto, lo cual implica un nuevo descenso a la Segunda División B, categoría que se mantendrá hasta que en la temporada 1989-90 se consiga el ascenso a la Segunda División de la mano de Benito Floro como entrenador. Será la siguiente temporada, la Liga 1992-93, cuando el Albacete Balompié entre en crisis y descienda hasta el decimoséptimo puesto de la clasificación, debiendo de defender su plaza en la Primera División frente al R. C. D. Mallorca, club al que vencerá por 1-3 en el encuentro de la ida, y 2-1 en el encuentro disputado en el Estadio Carlos Belmonte. Entre los jugadores de la plantilla que consiguen este puesto destacan, además de los que cosecharon el ascenso, el portero Manuel Almunia, el albaceteño Pablo Ibáñez, Carlos Aranda, Gustavo Siviero o Antonio Pacheco, una plantilla formada por 29 jugadores de cuatro nacionalidades diferentes.
Si bien durante toda la era amateur y profesional rosarina (1905-1938) el club participó activamente de las Copas nacionales oficiales organizadas por las asociaciones antecesoras a la AFA, recién a partir de 1939 se incorporó definitivamente al Campeonato de Liga profesional regular de Primera División organizado por el ente rector del fútbol argentino, en donde se consagró campeón en cuatro oportunidades. Será en la temporada 1946-47, y tras una brillante clasificación con una media de cuatro tantos por encuentro, cuando ocurra uno de los hechos más turbios de la historia del equipo. En junio, julio, agosto, septiembre y octubre de 2012, según las estadísticas de la clasificación mundial de clubes realizada por la Federación Internacional de Historia y Estadística de Fútbol, Universidad de Chile se ubicó como el segundo mejor equipo del mundo, la mejor ubicación de su historia. 33. Luis Urzúa 54 13 de octubre, a las 21:56 Jefe de turno y uno de los líderes del grupo. Entre los preparadores más destacados de la historia del club, es preciso mencionar al argentino Roque Olsen, el cual dirigió al equipo a su primer ascenso a la Primera División.
Tras el éxito cosechado, el entrenador asturiano Benito Floro dirigirá una plantilla mítica en la historia del club, que de la mano del jugador albaceteño «Catali», Zalazar o Coco (entre otros) lograrán el ascenso a la Primera División en la temporada 1990-91, una categoría nunca alcanzada con anterioridad. Esta temporada supuso la despedida de Andoni Iraola, quien abandonó el club tras 12 temporadas en el primer equipo, con el que disputó 510 partidos oficiales, convirtiéndose en el cuarto jugador que más partidos ha disputado en la historia del Athletic. Tras cosechar unos excelentes resultados en las temporadas siguientes, será en la campaña 1984-85 cuando, de la mano de Julián Rubio, entrenador de la tierra, cuando se consiga el subcampeonato de la categoría y el triunfo como campeón en la Copa de la Liga de Segunda División B dentro del Grupo II (triunfo que también consiguió en la temporada anterior). En 1959, y ante las precarias instalaciones con las que contaba el equipo, el alcalde de la ciudad de Albacete Carlos Belmonte (1917-1979), arquitecto de profesión, diseña de forma desinteresada un proyecto sobre la construcción de un estadio de fútbol en la capital, proyecto que salió adelante y que fue financiado mediante la emisión de mil abonos para diez temporadas al precio de 5000 pesetas cada uno, lográndose vender cerca de 700, lo que supusieron el ingreso de 3 500 000 pesetas a los que hubo que añadir un crédito de 7 500 000 pesetas concedido por la Delegación Nacional de Deportes para poder sufragar dicha construcción.
En la fase de ascenso a la segunda división, y tras ir perdiendo por 3-1 frente a la Cultural Leonesa, el equipo vencerá por 3-5, ante acusaciones de amaño, situación que le impidió luchar por el ascenso y que motivó el cierre de comercios en la ciudad y la salida de cerca de 20 000 vecinos en manifestación contra el Comité de Competición. El «Alba», tras un duro trabajo logra finalizar la competición decimocuarto con 47 puntos, manteniendo la categoría y logrando una media de 15 456 espectadores el Carlos Belmonte. Ludovic Delporte, Laurent Viaud, Basti o Carlos Roa en la portería. El presidente Juan Carlos Barriocanal decide fichar a un director deportivo, Juan Manuel Barroso, una figura que es un lujo innecesario para esta categoría. Ante la precaria situación económica, Antonio Lozano abandona la presidencia del club el 10 de julio de 1943, accediendo a la misma Luís Bufort Climent (que dimitiría un año más tarde), el cual crea la figura del socio protector como medio de fomento del equipo y mejora de tesorería de la entidad. Al año siguiente juega en Primera Regional, y queda en tercera posición. No obstante, la difícil situación económica por la que pasa el club pasará factura a la plantilla, que no reunirá la calidad necesaria para mantener la categoría, comprar camisetas de futbol baratas lo cual provocará el descenso nuevamente a la Tercera División.