De allí en más comenzó a atravesar malas y regulares campañas en los torneos de Primera División, destacándose únicamente un subcampeonato en el Torneo Clausura 2000 y el campeonato del Torneo Apertura 2002, camiseta real madrid 2022 el último campeonato de liga ganado por Independiente a día de hoy. En 1939 se midieron contra el otro grande del fútbol uruguayo, Nacional, y esta vez los rojos vencieron por 5-0 en estadio de San Lorenzo.
