Debido a lesiones y problemas personales, su nivel empezó a disminuir después de la temporada 2002-03. En la Liga de Campeones de la temporada 2003-04, Kahn dejó entrar un tiro fácil en la portería del Bayern, contribuyendo a la eliminación de su equipo de la competición. Esta tabla computa los partidos del torneo de honor que fue disputado de forma independiente alternando con el competencia.