1993-1995: Boca Juniors cambia de marca de camiseta a Olan y el azul so torna más oscuro. Boca no pudo participar en el Clausura 2003 a causa de que la mitad de sus jugadoras estaban convocadas a la Selección Argentina para disputar la Copa Mundial Femenina de Fútbol de 2003 realizada en Estados Unidos, por esa razón el club decidió no presentarse al campeonato. En la segunda mitad las encargadas de convertir nuevamente fueron Andrea Ojeda (2) el sexto a los 13 minutos del tiempo complementario y tres minutos más tarde repite Fabiana Vallejos (2). Con estos goles las futbolistas de Boca Juniors logran su título número 25 y quedando en la historia como las primeras campeonas en la era profesional. En lo que respecto a la historia del fútbol femenino, su primer camiseta se remonta al modelo de 1989, auspiciado por la marca alemana. 2020: Boca Juniors vuelve a vestir la marca alemana que lo acompañó desde 1980 hasta 1996. El color azul se vuelve más claro, la franja amarilla recorre toda la camiseta, con sus tres líneas amarillas en las mangas y en los pantalones de forma vertical y medias azules. Ese mismo día por la tarde, las jugadoras campeonas pudieron asistir a La Bombonera para poder dar la vuelta olímpica ante todo el público, camisetas de futbol baratas fue la única vez que el equipo femenino de Boca Juniors pudo dar una vuelta olímpica en el estadio oficial ante el público.
La 2008-09 resultó algo más tranquila, quedando el equipo en la 13.ª plaza, siendo entrenado por José González primero y Juan Luna Eslava después. Su presidente entonces era Juan Rafael Brichetto y eligió una forma un tanto curiosa de solucionar el problema. El 12 de febrero de 1989, por aquel entonces el presidente de Boca Juniors, Antonio Alegre, se entera por medio de del Diario Popular, que la institución tendría un plantel de futbol femenino. Después de haberse creada la sección de Fútbol femenino en Boca Juniors en 1990, luego de un año, más precisamente el 27 de octubre de 1991 realizó su debut, en la Primera División Femenina jugando frente a Sacachispas siendo el primer encuentro de local y ganando el encuentro por 11 goles a 0, siendo la mayor goleada que consiguieran las jugadoras de Boca Juniors en el primer torneo. El sábado 9 de marzo de 2019 se dio un encuentro histórico debido a que el plantel de Fútbol Femenino de Boca Juniors «Las Gladiadoras» por primera vez jugaban un partido oficial en La Bombonera en la era profesional, en el marco de una iniciativa por el club Xeneize por el Día Internacional de la Mujer. Volverían a ganar el campeonato en el Apertura 2009 pero este iba a tener un plus diferente ya que gracias a este nuevo título Boca por primera vez en su historia jugaría la segunda edición de la Copa Libertadores Femenina del año 2010, convirtiéndose en el segundo equipo argentino en disputarla, después de San Lorenzo de Almagro en el año 2009. Boca integraría el Grupo 2 de la copa junto al Everton de Chile, la U.A.A.
Iquitos de Perú. Su primer partido sería ante el Club Florida por 4 a 1, el segundo ante el U.P.M Iquitos con goleada a favor por 12 a 1, el tercero sería ante U.A.A. Aquel partido fue a favor del equipo de San Fernando que se impusieron por la mínima. Las Xeneizes salieron con el siguiente equipo titular: Laurina Oliveros; Julieta Cruz, Florencia Quiñones, Noelia Espíndola y Eliana Stábile; Lorena Benítez, Clarisa Huber, Fabiana Vallejos; Carolina Troncoso, Andrea Ojeda y Yamila Rodríguez. Las convocadas para el encuentro en La Bombonera fueron: 1-Elizabeth Minnig; 4-Julieta Cruz, 2-Noelia Espíndola, 6-Cecilia Ghigo, 3- Julieta Gergo; 8-Camila Gómez Ares, 5-Florencia Quiñones, 10-Micaela Cabrera; 7-Fabiana Vallejos, 9-Carolina Troncoso y 11-Yamila Rodríguez. El miércoles 25 de septiembre de 2019 se daría el primer Superclásico femenino de la era Semiprofesional en el Estadio Alberto J. Armando, equipaciones de futbol baratas en esta ocasión el partido se dio en el debut del campeonato de primera división y varias de las jugadoras jugarían cobrando un sueldo profesional. En la Libertadores de 2003 el equipo era aún más poderoso, y protagonizó recordados enfrentamientos contra el Santos, finalizados 4:4 en Montevideo y 2:2 en Vila Belmiro.
El camino de los Rayados hacia esta copa empezó un año antes en un torneo eliminatorio previo llamado Pre Pre Libertadores 1998, el cual se llevó a cabo en forma de play-offs donde el equipo derrotado era eliminado. El 19 de enero de 2021, se llevó a cabo la primera final en la era profesional de fútbol femenino de Argentina por el Torneo Transición 2020 en el Estadio José Amalfitani. Ha sido sede de la Copa Mundial de Fútbol de 1962 y también de la Copa América de 1991 y 2015, así mismo sede principal de la Copa Mundial de Fútbol Sub-17 2015, jugándose la final del campeonato en este estadio. 2006-2008: Se adoptó, con motivo del centenario del club, dentro de la franja amarilla, un símbolo como referente de este primer siglo de vida: una X azul y amarilla. 2013-2015: La camiseta volvió a adoptar el color azul oscuro, y la franja amarilla recorría la totalidad de la camiseta. De local se utiliza la camiseta morada vino tinto con detalles en blanco, y se utilizan shorts vino tinto con detalles blancos y grises. Nacional está identificado con los colores blanco, azul y rojo, tomados de la Bandera de Artigas.