El Club Cienciano Júnior es el primer equipo filial. El Sportivo Cienciano es el segundo equipo filial. Añadido el hecho de que es la institución deportiva en vigencia más antigua de Venezuela, Magallanes está presente en la cultura venezolana, tanto así que es el único club deportivo venezolano que ha dado nombre a una localidad (Los Magallanes de Catia, Caracas).
